Pas themelimit të tregut të përbashkët të Kosovës dhe Shqipërisë për energjinë elektrike, për të ndihmuar punën e Komitetit Drejtues janë themeluar edhe grupet punuese. Në fazën fillestare të punës, janë themeluar grupi punues për çështje ligjore/rregullative, grupi punues për çështje teknike/operative dhe grupi punues për çështje komerciale, të cilat do të përbëhen nga ekspertë të ndryshëm të të dyja shteteve.

Grupi punues për çështje ligjore/rregullative:

1.    Përfaqësues nga MZHE – Sabit Gashi (Bashkë-kryesues);
2.    Përfaqësues nga MEI –  Enea Karakaci (Bashkë-kryesuese);
3.    Përfaqësues nga ERE –  Agim Nashi (Anëtar);
4.    Përfaqësues nga ZRRE – (Anëtar);
5.    Përfaqësues nga KOSTT- Resmije Ahma (Anëtare);
6.    Përfaqësues nga OST –  Ilda Neziri (Anëtare).

Grupi punues për çështje teknike/operative:

1.  Përfaqësues nga KOSTT- Kadri Kadriu (Bashkë-kryesues);
2.  Përfaqësues nga OST – Luan Aranitasi (Bashkë-kryesues);
3.  Përfaqësues nga ZRRE  – Rifat Blakaj (Anëtar);
4.  Përfaqësues nga ERE – Agim Nashi (Anëtar);
5.  Përfaqësues nga MZHE – Skender Xani (Anëtar);
6.  Përfaqësues nga MEI   – Agim Bregasi (Anëtar).

Grupi punues për çështje komerciale:

1.  Përfaqësues nga ERE –  Agim Nashi (Bashkë-kryesues);
2 . Përfaqësues nga ZRRE – (Bashkë-kryesues);
3.  Përfaqësues nga KOSTT- Skender Gjonbalaj (Anëtar);
4.  Përfaqësues i OST – Ana Moisiu (Anëtare);
5.  Përfaqësues nga MZHE – Luan Morina (Anëtar);
6.  Përfaqësues nga MEI – Edmont Gjokutaj (Anëtar).

Vendimet e Komitetit Drejtues merren me konsensus të përgjithshëm të anëtarëve me të drejtë vote. Ndërsa, nëse konsensusi nuk mund të arrihet, atëherë bashkë-kryesuesit kërkojnë pajtueshmëri për hedhjen e çështjes në votim, për të cilën do të vendoset në bazë të shumicës së thjeshtë të anëtarëve të pranishëm me të drejtë vote. Gjithashtu, nevojitet pjesëmarrja e së paku dy të tretave të numrit të përgjithshëm të anëtarëve me të drejtë vote në mbledhjen e Komitetit Drejtues në mënyrë që vendimmarrja të jetë e vlefshme.